A concessão das licenças é feita pelo Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e Recursos Naturais Renováveis (Ibama), já que a ferrovia estende-se por sete estados e Distrito Federal.

Desde 2005, logo após a promulgação da Resolução 349/2004 do Conselho Nacional do Meio Ambiente (Conama), a FCA iniciou o processo de licenciamento de suas operações, para atender à norma do Conama sobre licenciamento ambiental de empreendimentos ferroviários de pequeno potencial de impacto e regularização dos empreendimentos em operação.

O processo de licenciamento conduzido pela FCA considera aspectos e impactos ambientais decorrentes da atividade da malha ferroviária e dos pontos de apoio, como postos e oficinas. Contempla o detalhamento das tarefas realizadas e seus aspectos ambientais, diagnóstico e análise dos impactos ambientais, indicando ações e programas de controle e mitigação a serem instituídos.
Para além das obrigações exigidas em condicionantes, investimos recursos financeiros e humanos nos controle de nossos processos com foco ambiental.

Acompanhamos, permanentemente, a evolução das legislações pertinentes às nossas atividades para nos mantermos de acordo com as legislações federal, estadual e municipal. Esse cuidado é necessário, sobretudo, devido à estrutura centenária da ferroviária, proveniente da antiga RFFSA.